根据最新调查结果，小林制药公司的含红曲成分保健品原料中的软毛青霉酸是导致消费者肾功能障碍的主要原因。这种软毛青霉酸是一种细菌毒素，其毒性已经得到了充分的研究证明。然而，在小林保健品中检测出来的软毛青霉酸含量并不高，这可能是因为该种毒素被破坏或者分解掉了。

另外两种起初被认为“意外”的物质也并未发现对消费者的肾功能造成直接伤害。厚生劳动省推测，这些物质可能是由生产红曲原料的工厂在培养红曲过程中混入的青霉菌产生的产物。由于红曲是一种传统的发酵食品，含有丰富的营养成分，因此混入青霉菌后可能会产生一些有害物质，比如软毛青霉酸等。

至于另一种“意外”物质，它可能是含红曲保健品的有效成分之一——莫纳可林K在青霉菌的作用下发生变化而来。莫纳可林K是一种常见的抗生素，具有抗菌、抗病毒等多种生物活性。但是，它的作用机理目前还不完全清楚，且可能存在一定的副作用。

总体来说，小林制药公司在研发含红曲成分的保健品时，应该更加注重产品质量控制和安全风险评估，避免出现像这次这样的食品安全事件。此外，对于类似的保健品企业来说，也需要加强与相关部门的合作，共同制定相关标准和法规，以保障消费者的合法权益和身体健康。